Методический отдел учебно-методического управления отвечает за организацию работы по подготовке лицензионных и аккредитационных материалов по направлениям и специальностям университета по действующим в университете образовательным программам, сотрудничает с Рособнадзором по оформлению лицензий на образовательную деятельность университета. Работает с учебно-методическими комиссиями УМО-ж.д. по сопровождению работ закрепленных за УМО-ж.д.,
Ведет работу по оптимизации учебных планов транспортных специальностей и разработке методических рекомендаций для методических комиссий институтов (факультетов), составлению оперативных учебных планов на каждый курс и специальности по институтам (факультетам), планированию контингента студентов и распределению учебных дисциплин по кафедрам.
Производит расчет объема учебной работы по кафедрам и показателей учебной работы, составляет график учебного процесса, расчет нагрузки по видам занятий и штатов профессорско-преподавательского состава на кафедрах университета. Также ведется расчет и распределение почасового фонда по кафедрам университета и оперативная работа, по внесению рабочих изменений в учебные планы, учебную нагрузку и график учебного процесса.
Возглавляет отдел Комарова Татьяна Николаевна.