Кафедра специализируется на вопросах обеспечения экологической и промышленной безопасности на транспорте и в промышленности, а также в обеспечении требований химической безопасности. Дает базовые компетенции в области химии и экологии для студентов различных курсов обучения.
История кафедры, как и всего университета, начинается с 1896 года, когда в составе Императорского московского инженерного училища (ИМИУ) была открыта химическая лаборатория, позднее реорганизованная в кафедру «Химия». Для организации химической лаборатории и кафедры был приглашен известный российский физико-химик профессор Иван Алексеевич Каблуков (1857-1942 гг.).
В 1898 году в составе комплекса зданий, построенных для училища, был открыт и химических корпус (ныне ГУК-5). Каблуков принимал личное участие в проектировании и оснащении новых лабораторий. За образец им была взята химическая лаборатория Вильгельма Оствальда в Лейпцигском университете, где он работал в 1880-х годах при подготовке своей докторской диссертации.
Как лектор И.А. Каблуков не был «блестящим» и уступал в этом отношении многим своим современникам, однако его аудитория даже при необязательном посещении лекций была всегда полна студентов. Сюда влекли слушателей как безусловная серьёзность изложения предмета, всегда находившаяся на высшем уровне современного научного развития, так и непередаваемое очарование — слушать творца в науке, увлечённого своим делом и любящего его. А когда ему приходилось касаться научных творений таких корифеев науки, как Зинин, Бутлеров, Менделеев, то перед увлечённой аудиторией вырисовывались не только их достижения, но и их яркие, незабываемые образы.
Лекции нередко были наполнены специфически «каблуковским», «каблуковскими словечками», милым юмором. В них были и неудачные опыты, которые с его комментариями иногда оказывались поучительнее удачных. Эта своеобразная черта в чтении лекции, а также в разговорах и беседах порождала среди студентов — да и не только среди них — много добродушных «каблуковских» шуток и анекдотов.
В наших стенах Иван Алексеевич проработал до середины 1900-х годов. В 1910 был признан заслуженным профессором Московского университета и основную свою работу проводил уже там. Кроме того, на рубеже XIX-XX веков он принимал активное участие в создании лабораторий и научных школ других учебных заведений. Важную роль он сыграл и в жизни Сельскохозяйственного училища (ныне Сельскохозяйственная академия им. К.А. Тимирязева).
В память о работе Каблукова в МИИТ (ИМИУ) остались коллекция химической посуды, чистых веществ и минералов, собранная им на ведущих европейских химических заводах и в университетах, диссертационные работы его учеников, выполненные в лабораториях созданной им кафедры «Химия». Да и сами лаборатории кафедры хранят память о своем создателе.
В феврале 1996 года стараниями профессора Людмилы Васильевны Киселевой при большой поддержке Департамента безопасности движения и экологии МПС России была создана кафедра «Экология». Её деятельность началась с разработки для всех специальностей МИИТ новых рабочих программ по дисциплине «Экология», где наряду с основами общей экологии предусматривается изучение студентами взаимосвязей составляющих природно-технической системы «человек-техника-природа», экологических последствий инженерной деятельности и природоохранных мероприятий по защите окружающей среды. В 1997 году кафедра получила название «Инженерная экология» и стала выпускающей.
В 2003, 2004, 2006, 2007 и 2008 гг. кафедра «Инженерная экология» занимала первое место в университете в номинации «Лучшая комплексная кафедра».
При реализации Инновационной образовательной программы МИИТ в 2007-2008 г.г. кафедра принимала в ней активное участие с собственным разделом «Экология высокоскоростного наземного транспорта». Это позволило существенно обновить и расширить лабораторную базу кафедры за счет новейшего учебного и научного оборудования: метеостанция, солнечная батарея, тепловой насос, лабораторные стенды очистки воздуха, воды, защиты от физических воздействий, хроматографы, спектрометры различных типов, газоанализаторы, комплекты для полевого анализа химического состава и параметров окружающей среды и др.
В 2003 году решением ученого совета университета был создан Факультет экологической безопасности, полностью разместившийся в отдельном 5 корпусе МИИТ. В его структуру вошли кафедры «Химия» и «Инженерная экология». А 1 сентября 2011 два подразделения были объединены в кафедру «Химия и инженерная экология» и вошли в состав Института управления и информационных технологий (ИУИТ).
Такая поэтапная реорганизация позволила увеличить научный и учебный потенциал кафедры, объединить коллективы экологов и химиков и технические ресурсы для еще более глубокой и эффективной теоретической и практической подготовки будущих специалистов экологического профиля.
С 2002 года кафедру «Инженерная экология», а затем и «Химия и инженерная экология», возглавляет профессор, доктор технических наук Владимир Георгиевич Попов.
В 2022 году в честь юбилейного года Российского университета транспорта на кафедре были открыты мемориальный аудиторный комплекс имени профессора Каблукова И.А. (основатель кафедры «Химия» в МИИТе) и мемориальная аудитория имени профессора Кисилевой Л.В, (основатель кафедры «Инженерная экология» в МИИТе)